Новый тест позволяет выявить все варианты SARS-CoV-2

После начала пандемии SARS-C0V-2 исследователи из ResearchPath LLC и их коллеги из Университета Ратгерса быстро направили ресурсы на разработку точного и надежного тестирования COVID-19. 

По мере появления вариантов они разработали тест ПЦР, который использует молекулярные маяки не только для диагностики инфекции COVID-19, но и для определения конкретного варианта, вызывающего эту инфекцию. Результаты их исследования опубликованы в журнале "Journal of Molecular Diagnostics". Их методика находится в открытом доступе, так что ее может воспроизвести любое учреждение, способное провести ПЦР-тест.


Идентификация конкретных штаммов позволяет получить важную информацию, такую как продолжительность инкубационного периода, продолжительность заразного периода, трансмиссивность, патогенность и даже изменения в преобладающих симптомах.

Информация о типах штаммов обычно сообщается международным сообществом или несколькими государствами с большим населением, которые проводят генетическое секвенирование.

Глубокое секвенирование, необходимое для идентификации штаммов SARS-CoV-2, является точным и может определить каждую мутацию, присутствующую в образце, но оно дорогостоящее, медленное и требует специализированного оборудования. Тем не менее, знание типа штамма дает важную информацию для специалистов в области общественного здравоохранения, политиков и отдельных людей.

Используя зонды для ПЦР в реальном времени, разработанные в Университете Рутгерса и уже применяемые во всем мире для многих целей, специалисты Рутгерса разработали анализ Rutgers-RP RT-PCR для выявления мутаций в SARS-CoV-2, которые, как было показано, увеличивают иммунную защиту, позволяют избежать нейтрализации и повышают трансмиссивность.

Для тестирования были выбраны девять мутаций, и маячок для каждой из них имеет разные цвета красителей. Каждый исходный вариант - альфа, бета, гамма, дельта и омикрон - имеет уникальную комбинацию этих мутаций. Когда маячок связывается с молекулой-мишенью, его отличительный цвет может быть обнаружен анализом.

Каждый маячок был протестирован отдельно, чтобы подтвердить его специфичность для определенной мутации. Затем маяки были объединены в мультиплексный анализ и протестированы методом RT-PCR на 26 образцах SARS-CoV2-позитивных пациентов, которые ранее были протестированы и идентифицированы с помощью глубокого секвенирования.

Два образца были идентифицированы как вариант Alpha, два - как вариант Epsilon и восемь - как вариант Delta. Мультиплексный анализ полностью совпал с результатами глубокого секвенирования, его чувствительность и специфичность составили 100%.

Исследователи сообщают, что тест также очень адаптивен. Когда появился Omicron, исследователи смогли разработать маяк менее чем за месяц, чтобы определить мутацию, которая уникальна для Omicron и важна для иммунного уклонения. Исследователи идентифицировали вариант Omicron в 17 из 33 дополнительных образцов пациентов, которые были ранее протестированы, и результаты совпали на 100%.